scinquisitor (scinquisitor) wrote,
scinquisitor
scinquisitor

Письмо мракобесу

Не для адресата:

Я чувствую, что должен оправдаться за этот пост перед своими читателями. Этот пост не имеет научной актуальности или литературной ценности и, скорее всего, не будет интересен тем, кто не в теме про недавнее срывание покровов с меня, flavorchemist, macroevolution и некоторых других. Более того, еще недавно я сам выступал против подобного рода постов, уделяющих слишком много внимания неизвестно кому. Тем же, кто в теме или просто любит “годный срач” этот пост может доставить определенное удовольствие. Если после прочтения данного абзаца Вы не уверены, в теме Вы или нет, значит, скорее всего, Вы не в теме и удовольствия от дальнейшего чтения я не гарантирую.

Для К. jescid К.:

Уважаемая К. jescid К. (да я знаю Ваше имя и фамилию, но раз Вы хотите оставаться анонимной, оставайтесь на здоровье).

Вы имеете право на мнение. В том числе на мнение, что я “болван”, “сочувствующий Монсанте“, “профнепригодный”, “дешёвый наёмный мошенник“, “лжец“, “фрик”, “жулик“, “персонаж с апломбом и рефлекторной упорностью пациента Кащенки” и публично ставить под сомнение мою способность самостоятельно учиться в школе и университете. Хотя читать такой поток ненависти мне странно, ведь по Вашим же словам: “ну не кидаются так учёные на своих коллег…” . Вы также имеете полное право банить меня в своем блоге и устраивать истерику, не предоставив мне площадки для ответа. Ну а я имею право над Вами посмеяться и поставить Вас на место. То огромное количество феерической чуши, которое Вы излили на страницах ЖЖ так и хочется подробно прокомментировать.

Вот Вы меня обвинили в том, что я раскритиковал статью Сералини об опасностях ГМО в прессе:

Что же наш кандидат биологических наук, пусть он и не токсиколог ни разу и совсем слаб в предмете — почему он не напишет свой веский отзыв собственно по адресу, в журнал? Там таких отзывов явно ждут”.

А я между прочим именно это и сделал. Причем мой отзыв был самым первым. Причем о том, что я написал свой веский отзыв в научный журнал и, более того, что мой отзыв опубликовали, я Вам сообщил до того, как Вы написали свой пасквиль.

Вот мой отзыв на статью Сералини, опубликованный в Food Chem Toxicol. В нем проведен разбор работы Сералини, показывающий, что наблюдаемые отличия между группами крыс статистически не значимы.

Food Chem Toxicol. 2013 Mar;53:460. doi: 10.1016/j.fct.2012.10.039. Epub 2012 Nov 7.
Toxicity of roundup-tolerant genetically modified maize is not supported by statistical tests.
Panchin AY.

Вы пишете:

«Но никто из критикующих не опустился до того, чтобы мошеннически передёрнуть результаты исследования».

Выводы моей статьи заключались в том, что Сералини не показал каких-либо отличий между какими-либо группами крыс. На отсутствие статистической значимости указал не только я, но и некоторые другие авторы отзывов на работу Сералини, пересчитавшие эту значимость.

Пример 1
Пример 2

Приведу цитату по одной из этих ссылок, в которой по сути сказано то же самое:

«Conclusion: There is no evidence that mortality to the end of the experiment was significantly different in the groups of rats fed either the GMO, GMO + R or when R was administered in the drinking water at three different levels. The claim by the authors that “In females, all treated groups died 2–3 times more than controls, and more rapidly” is not true (allowing for the poor English)».

Разумеется, внятного ответа от Сералини на замечание про отсутствие статистической значимости не прозвучало, когда он отвечал на критику. Все его возражение на замечание об отсутствии статистической значимости сводилось к тому, что “статистика не говорит правду, но может помочь понять результаты” (“Statistics do not tell the truth, but may help in understanding results”). Как мне потом объяснил в частной переписке редактор журнала Food Chem Toxicol, проблема с проходом подобного рода статей в научные журналы заключается в нехватке компетентных рецензентов, способных указать авторам на их ошибки.

То, что моя статья в прессе называлась “ГМО увеличивает продолжительность жизни самцов крыс” является проявлением сарказма, а не передергиванием результатов статьи. Это связано с тем, что если применить “научный” подход Сералини и полностью проигнорировать необходимости считать статистическую значимость, то из полученных его группой результатов следует на тех же правах, что и все остальные выводы, что “ГМО увеличивает продолжительность жизни самцов крыс”. Это подробно описывается в моей статье, которую Вы, видимо, прочитали по диагонали. Все поняли, а у Вас получилось, что мой заголовок “совершенно противоположный по содержанию”. Вам, видимо, нужна специальная табличка.

Вот Вы меня обвинили в том, что я не цитирую источники:

Лжёт и мошенничает, беря на себя наглость пересказывать статью, не указывая ссылки на неё, для понимания которой у него нет ни квалификации, ни опыта работы — судя по его перлам и объёму деятельности во сети и масс-медиа”.

На работу Сералини в своих разборах (как для широкой публики, так и для научного журнала) я, естественно, ссылался. Чего бы Вы ни клеветали. Вот здесь мой исходный пост:

Ссылка под номером [2] на работу Сералини.

Вы обвиняете меня в том, что я не могу заниматься наукой т.к. много времени уделяю публицистике. Давайте посмотрим. У меня есть четыре научных статьи в PubMed (не считая комментария на работу Сералини, который я не считаю полноценной публикацией). У Вас, насколько мне известно, нет ни одной статьи в PubMed (я искал, не нашел). Хотя Вы тоже претендуете на звание ученого (в области естественных наук), причем работаете в неплохой научной группе в престижном месте (известно каком). Если я ошибаюсь в одном из этих утверждений, прошу прощения и прошу поправить меня и привести ссылки на Ваши работы (можно в личку, если Вы боитесь огласки). Я сделаю update к этому сообщению.

В моем блоге, в котором приведены все мои “публицистические” произведения на данный момент 115 записей (116, включая эту). В Вашем 1769 записей. Я понимаю, что писать пасквили, прикрываясь псевдонимом, легче, чем научно-популярные статьи, но не думаю, что в 15 раз легче. Все-таки Вы много букв написали и много сил потратили. Не могу даже предположить, сколько времени на науку остается у Вас.

Кстати, говоря о том, чтобы “ссылаться на статьи, которые не понимают” и про “данные с 18 лабораторных крыс”, спешу отметить, что в работе Пуштаи (Ewen and Pusztai, 1999, Lancet) крыс было 36, а не 18. Забавно, что Вы критикуете меня за то, что я якобы не могу понять работу, которую Вы сами понять так и не смогли. У Пуштаи в его работе было 3 типа диеты, но каждый тип диеты был в варианте “картошка вареная” и “картошка сырая” итого 6 групп крыс, а не 3. В каждой группе по 6 крыс.

"Six rats were randomly allocated to each group, and were fed diets containing either raw or boiled GNA-GM potatoes, parent potatoes (Desiree), or parent-line potatoes supplemented with 25•4 μg/g GNA for 10 days"

Это очень легко перепроверить, пересчитав статистическую значимость по критерию Стьюдента для какого-нибудь сравнения из таблицы 1 и убедиться, что нужно подставить N=6, чтобы получить указанные в таблице значения.

Вы не поняли, о каких пяти множественных сравнениях шла речь в работе Пуштаи. Вместо того, чтобы вежливо уточнить, Вы устроили истерику, и принялись закрывать треды в обсуждении. Поясняю: вероятность по случайным причинам найти существенное отличие между несколькими группами крыс по одному признаку намного меньше, чем вероятность найти не менее существенное отличие между несколькими группами крыс хотя бы по одному из многих признаков. Если Вы проанализируете 100 параметров, то, весьма вероятно, что по одному параметру найдется статистически значимые отличия (с p-value < 0.01) между группами, даже если группы находились в совершенно одинаковых условиях, если не сделать поправки на 100 множественных сравнений. У Пуштаи неучтенных множественных сравнений было пять: “потенциальную опасность трансгенизации” подтвердили бы отличия между группами крыс по любому из пяти изученных им признаков (измерений некоторых отделов пищеварительного тракта: желудок, тощая кишка, подвздошная кишка, слепая кишка, прямая кишка; на самом деле там смотрели еще кое-чего, но это тоже лишь увеличивает количество множественных сравнений). Там были еще другие множественные сравнения, связанные со сравнением 6-и разных групп крыс по каждому из пяти показателей. Но эти множественные сравнения учтены в колонке “statistical analysis” таблицы 1 (в этом заслуга стандартного использования статистического теста Tukey’s test).

Почему я рассматриваю в первую очередь именно эти p-value (по Tukey's test), а не те, что приведены, например, в пятом столбце таблицы 1? Во-первых, для пятого столбца неучтенных множественных сравнений 10 (т.к. там отдельно сравниваются случаи, когда картошка была вареная, а когда сырая), что хуже, чем 5. Во-вторых, Tukey’s test использует больше информации. Например, мы видим, что прямая кишка несколько увеличена у крыс, которые ели сырую ГМ картошку, по сравнению с контролями и несколько уменьшена у крыс, которые ели вареную ГМ картошку. Так как сказывается трансгенизация картошки на прямой кишке крыс, в какую сторону? Объединенный анализ этих данных (колонка statistical analysis) показывает, что фактор «варка картошки» значимо сказывается на прямой кишке, а вот трансформация картошки геном лектина сама по себе – не значимо. Есть еще взаимодействие факторов, но это сложно интерпретировать с биологической точки зрения. Если Вы считаете, что мои претензии к статистической обработке результатов здесь не обоснованы, Вы можете попросить кого-нибудь перепроверить.

Независимо от всего вышесказанного, со времен публикации работ Пуштаи прошло много времени (более 10 лет) и никто так и не воспроизвел результатов Пуштаи. Воспроизводимость результатов, я напомню, – это один из важнейших критериев научности. Я подозреваю, что данная работа Пуштаи не воспроизводится по той простой причине, что эффект трансгенизации, действительно, был в пределах случайных отличий между выборками. Здесь есть еще один источник множественных сравнений, который, впрочем, учесть невозможно (поэтому этого сделать и не предлагаю): мы не знаем сколько противников ГМО пытались доказать вред ГМО и, не обнаружив вреда, предпочли не публиковаться. Этот аргумент действует в обе стороны (сторонники ГМО тоже могут что-то скрывать), но покуда вопрос стоит о доказанности опасности продуктов, содержащих ГМО по сравнению с аналогами, мы можем уверенно говорить, что сколь-либо убедительных доказательств  опасности на данный момент нет.

И нет, p-value, даже если коротко и грубо: это не “вероятность ошибки при вычислении/измерении чего-либо”. То, что пишете Вы – это просто бессмысленный набор слов. За такое у нас ставили двойку на теории вероятности. P-value – это вероятность наблюдать такое же или более радикальное значение некоторого статистического критерия при условии, что верна нулевая гипотеза. Например, предположим, мы хотим проверить, что монетка равносторонняя, т.е. честная (это нулевая гипотеза). Мы кинули ее 20 раз и 18 раз выпала решка. Вероятность наблюдать 18 выпадений одной стороны из 20 бросков при предположении, что вероятность выпадения каждой стороны равна 50% (нулевая гипотеза) примерно равна 0.0004 (это есть двусторонний p-value, двусторонний т.к. нам не важно, что именно решка выпадала чаще, если мы хотим сказать, что монетка не честная). Эта вероятность мала, поэтому мы считаем, что можно отвергнуть нулевую гипотезу и заявить, что монетка не честная. При этом есть вероятность того, что на самом деле монетка честная (т.е. мы ошибочно отвергли нулевую гипотезу). Вероятность такой ошибки так просто не считают и она в общем случае не равна полученному p-value, с чем связано много путаницы у неспециалистов.

Я также очень рад, что самый яркий пример моей некомпетентности, который Вам удалось найти для своего перехода на личности — цитата про одинаковый набор аминокислот в бананах и в жареном мясе. Это говорит мне о том, что в целом я достаточно аккуратен в изложении своих мыслей. Смущает только то, что Вы пытаетесь придраться ко мне за цитату, сделанную почти год назад, но в то же время считаете, что ”в здравом уме и доброй памяти учёный …” ”не будет перескакивать с темы на тему, хамски навязчиво приставая к оппоненту, стараясь поймать его на сказанном в позапрошлую пятницу по другому поводу, когда сегодня уже речь о другом”. Интересно, какого Вы мнения о себе?

В приведенной цитате, конечно же, речь шла о 20 аминокислотах, кодируемых стандартным генетическим кодом. Вот список: Глицин, Аланин, Валин, Изолейцин, Лейцин, Пролин, Серин, Треонин, Цистеин, Метионин, Аспарагиновая кислота, Аспарагин, Глутаминовая кислота, Глутамин, Лизин, Аргинин ,Гистидин, Фенилаланин, Тирозин, Триптофан. Все эти аминокислоты есть в жареном мясе и в бананах.  Говорить, что это “все” аминокислоты не совсем корректно (в белках встречаются и другие аминокислоты, подробней ниже), но допустимо т.к. всем, как правило, понятны ограничения этого утверждения. Например, вот цитата из статьи Вашего начальника: “Proteins are chains of 20 different types of amino acids”. Вы его тоже подловите на слове за то, что он не упомянул экзотику, про которую, он, естественно, знает?

И нет, Вы совершенно напрасно написали такой комментарий: “Чёрт, а аминокислоты, то не в курсе, что с ними происходит уже после 45°С и даже раньше”. Например, при сравнении сырого мяса и мяса полученного при готовке в духовке при температуре от 82°С до 118°С в течение 310 до 390 минут оказалось, что их аминокислотный состав был очень похож (сравнивались данные по 18 аминокислотам). “… the amino acid composition of the protein of the cooked meat is similar to that for the uncooked meat”. Пусть это не жареное мясо (про жареное я таких статей не нашел), но идея понятна. После 45°С, даже после 82°С с аминокислотами ничего особенного не произошло. Иначе мясо нам приходилось бы есть сырым, чтобы получить из него необходимую порцию белков. Вы по этому поводу, кажется, написали вот так: “Как, чёрт возьми, можно стать кандидатом биологических наук, не зная азов?

Я очень рад, что дискуссия со мной и теми, кто общался с Вами после того, как Вы меня любезно забанили (сэкономив мне массу времени), помогла Вам узнать много нового, в том числе и про аминокислоты, например, про селеноцистеин. Почему я уверен, что Вы не знали о селеноцистеине раньше? Потому что это был бы Ваш первый пример аминокислоты (пусть и экзотичной), которая есть в мясе, но отсутствует (точнее, не найдена) в банане, если бы Вы действительно разбирались в вопросе. Вместо этого Вы сначала привели таурин (не аминокислота, не имеет карбоксильной группы), пролин (содержится в растениях, в том числе в банане, вот пример белка банана с пролином), карнозин (не аминокислота, а дипептид). Тем самым опозорились. Только осознав это, Вы снова обратились к поисковикам, чтобы хоть как-то выйти из положения и нашли, наконец, селеноцистеин. Здесь уместо отметить, что в высших растениях присутствует селен, в частности в форме аминокислоты селенометионина, которая является основным природным источником селена для организма человека и животных. Усвоив селен в такой или иной форме наш организм вполне способен синтезировать селеноцистеин самостоятельно.

Аналогично очень посмешила Ваша безграмотность по теме аминокислот, проявленная здесь, когда Вы отнесли к аминокислотам множества, обозначаемые символами B и Z.

"B = aspartate or asparagine"; "Z = glutamate or glutamine".

Как несложно догадаться, это условные символы, обозначающие, что в данном месте аминокислотной последовательности стоит одна или другая аминокислота. Нет таких аминокислот, как B или Z. С тем же успехом Х обозначает любую аминокислоту в записи полипептидной последовательности, о чем Вам, собственно и написали более компетентные люди, которых Вы вскоре упрекнули в “жульничестве”, быстренько прикрыв соответствующие треды. Ну и конечно аминокислот никак не 21, о чем Вам тоже уже писали. Есть 20 аминокислот, кодируемых в рамках стандартного генетического кода. И есть куча всякой экзотики. Пирролизин и селеноцистеин используются при синтезе нескольких белков у некоторых групп организмов, кодируются определенными стоп-кодонами (за которым идет специальная последовательность РНК). Гамма-аминомасляная кислота – тоже аминокислота, но в состав белков не входит, причем подобных примеров масса. Некоторые аминокислоты, входящие в состав белков, подвергаются модификации с формированием модифицированных аминокислот, например, так получается гидроксипролин, который может входить в состав некоторых белков, но стандартным кодом не кодируется. Впрочем, это все ерунда на фоне остального бреда, который Вы написали.

Таким образом, в попытке раскритиковать один мой “фейл” прошлогодней давности, Вы породили целый букет смачных перлов. Перечислить все не хватит целого дня. Желающих отправлю читать пост flavorchemist и обсуждение к посту, а также пост progenes .

Вышеперечисленным, на мой взгляд, Вы расписались в полном отсутствии базового биологического образования и минимальных представлений о научной этике (такого количества агрессивных оскорблений и переходов на личности, в том числе в адрес коллег по специальности, я давно не видел). Странно, что Вы не смогли осилить даже википедию, отвечая на многочисленные замечания. А то, что Вы замораживали треды, в которых участвовали более квалифицированные оппоненты (в том числе доктора биологических наук, нареченные из Ваших уст троллями), которые Вам пытались объяснить все эти детали, лишь говорит о неспособности признать свою неправоту и критически мыслить. Впрочем, и это не так страшно для общества т.к. в конце концов, не так уж велика аудитория вашего журнала, а вклад в науку, по всей видимости, пока равен нулю.

Мне также было очень приятно оказаться в одном ряду с уважаемыми мной flavorchemist и macroevolution, которых Вы, как и меня, назвали фриками. Для меня это честь.

Желаю Вам удачи и новых перлов, чтобы мне, а также моим читателям и коллегам было над чем посмеяться. Если будете действовать в таком же духе, то, возможно, когда-нибудь Вы заработаете себе место в кунсткамере вместе с Ириной Ермаковой, Виктором Петриком и Петром Гаряевым. На этом предоставляю Вам слово и прощаюсь.

Успехов в написании ответа! Поздравляю с тем, что Вас теперь хоть кто-то знает.

Александр Панчин

Update:
почитать ответ jescid можно тут
почитать мой ответ на ответ можно тут
Tags: мракобесие, пригорело
Subscribe
  • Post a new comment

    Error

    Anonymous comments are disabled in this journal

    default userpic
  • 313 comments
Previous
← Ctrl ← Alt
Next
Ctrl → Alt →
Previous
← Ctrl ← Alt
Next
Ctrl → Alt →