Category: коронавирус

Category was added automatically. Read all entries about "коронавирус".

Космос, Рассел, Земля, Чайник, Марс

Путеводитель по галактике

Добро пожаловать в Планетарий!

Чтобы узнать, где на звездном небе найти тот или иной космический объект можно обратиться к данному путеводителю.

О путеводителе:

Путеводитель создан для навигации по космическому пространству.
Путеводитель будет обновляться по мере открытия новых космических объектов.
Путеводитель будет всегда лежать на самом видном месте Планетария.
К Путеводителю прилагается книга отзывов и предложений, а так же контактная информация.
Приятных наблюдений!

-6gmz-fesl4
(Image by dora_krupp)

Путеводитель по галактике (использовать для навигации по журналу):
Collapse )

Collapse )

Новости науки и псевдонауки: клонирование, происхождение коронавируса, гомеопатия.

Научная новость заключаются в том, что в США клонировали лошадь Пржевальского из замороженного сорок лет назад генетического материала, используя одомашненную лошадь в качестве суррогатной матери. Это очень крутой проект по сохранению биологического разнообразия вымирающего вида. И еще один шаг в сторону воскрешения некоторых вымерших видов. У меня есть лекция о клонировании с форума «Ученые против мифов», где я рассказываю, как это планируется делать.

Лженаучных новостей две.

Collapse )

Российская вакцина от COVID-19

Ранее я писал о том, что по российской вакцине от COVID-19 нет никаких данных. Ситуация изменилась: сегодня вышла подробная статья про исследование вакцины в научном журнале The Lancet. Там же выходила статья про похожую китайскую вакцину. Журнал очень известный и хороший.

Проблемы малого размера выборки и отсуствия контрольной группы статья не снимает, но зато можно посмотреть на побочные эффекты и их частоту. В целом все выглядит неплохо, но хочется, чтобы доделали третью фазу испытаний на добровольцах до начала массового применения. Редкие побочные эффекты на такой выборке просто не поймать. И все же авторов можно поздравить с публикацией.

Safety and immunogenicity of an rAd26 and rAd5 vector-based heterologous prime-boost COVID-19 vaccine in two formulations: two open, non-randomised phase 1/2 studies from Russia

Подумал, что есть все-таки один нюанс с использованием замечательной технологии аденовирусных векторов в вакцинации. Те же векторы используются в том числе и в ряде генных терапий. И вот после такой вакцины некоторые генные терапии работать на вас будут плохо, так как на сам вектор тоже может возникать имунный ответ. Разумеется, это касается всех подобных вакцин, независимо от страны происхождения. Проблема эта коснется лишь небольшой доли людей, но все же стоит ее учесть.

https://doi.org/10.1016/S0140-6736(20)31866-3

Зарегистрировано – значит, работает? О российской прививке от коронавируса

Наряду с протестами в Белоруссии одна из самых обсуждаемых тем последних дней – отечественная прививка от коронавируса SARS-CoV-2, вызывающего COVID-19. И тут начну с хорошего: создатель вакцины Денис Логунов дал подробное интервью «Медузе», и ответы специалиста производят хорошее впечатление. Но, чтобы считать прививку эффективной и безопасной, одного интервью недостаточно. Нужны сухие факты, а их, увы, крайне мало.

На сайте вакцины (https://sputnikvaccine.com) в разделе «клинические исследования» есть ссылки ровно на две записи NCT04437875 и NCT04436471 сайта clinicaltrials.gov, причём результаты этих исследований пока не опубликованы. Мы знаем лишь, что в каждом исследовании участвовало по 38 человек, и специалисты следили за появлением у них признаков клеточного иммунитета и антител к коронавирусу SARS-CoV-2.

Sputnik V – вакцина, сделанная на основе аденовирусных носителей (векторов) с использованием современных методов генной инженерии. Идея заключается в том, чтобы доставить в клетки человека ген, кодирующий шиповидный белок коронавируса SARS-CoV-2. Клетки произведут этот белок, и на него возникнет иммунная реакция, которая обучит иммунитет бороться с реальным вирусом. Средством доставки выступают оболочки двух аденовирусов. Вакцинацию предполагается делать в два этапа: сначала с одним аденовирусом, а затем с другим. 20 пациентов в каждом из клинических исследований вакцинировались по такой схеме, еще две группы по 9 человек прививали одним из двух векторов. Исследования не имели контрольной группы – людей, получавших пустой вектор или плацебо.

Насколько такого размера выборки и методика исследования соответствуют мировому уровню? Для сравнения возьмем публикацию в журнале The Lancet от 20 июля [1], в которой тестировалась вакцина из Китая, сделанная, по сути, таким же образом. Там тоже используется аденовирусный вектор с геном шиповидного белка коронавируса.

Collapse )

Рекомбинация коронавируса

Тем временем, похоже, разрешилась еще одна загадка, связанная с коронавирусом. Статья в Nature Microbiology вышла одновременно с нашей (см. предыдущий пост).

У SARS-CoV-2 есть S-белок, позволяющий ему эффективно связываться с рецептором ACE2 человека. Считайте этот рецептор точкой входа для этого и некоторых других коронавирусов.

На уровне генома SARS-CoV-2 очень похож на вирус летучих мышей RaTG13, хоть и отделен от него десятками лет эволюции. Но ключевое место S-белка, отвечающее за связывание с рецептором ACE2, у RaTG13 и SARS-CoV-2 отличается. По короткому, но важному фрагменту S-белка SARS-CoV-2 больше похож на коронавирус из панголина.

Была гипотеза, что SARS-CoV-2 — продукт рекомбинации. Была гипотеза конспирологов, что эту рекомбинацию провели в лаборатории. Оказалось, что все может быть куда проще.

Рекомбинация случилась у RaTG13, а способность эффективно связывать рецептор ACE2 была предковой для SARS-CoV-2 и родственных ему вирусов. Это повышает вероятность сценария, что коронавирус передался людям напрямую от летучих мышей. А промежуточный хозяин если и был, то не являлся необходимым условием передачи вируса человеку.

Boni, M.F., Lemey, P., Jiang, X. et al. Evolutionary origins of the SARS-CoV-2 sarbecovirus lineage responsible for the COVID-19 pandemic. Nat Microbiol (2020). https://doi.org/10.1038/s41564-020-0771-4

Необычные мутации коронавируса

Сегодня в рецензируемом научном журнале PeerJ у нас вышла статья по актуальной теме – публикация посвящена тому, как мутирует коронавирус, захвативший мир.

Прежде чем объяснять суть статьи напомню некоторые базовые вещи из курса молекулярной биологии (если вы владеете темой – переходите сразу к следующему абзацу). Итак, молекула ДНК представляет собой двойную спираль. Каждая из спиралей – это цепочка из четырех типов нуклеотидов, обозначаемых буквами A,T,G,C. В двойной спирали А ставится напротив Т, а G напротив С. Это называется принципом комплементарности, и он позволяет молекуле ДНК размножаться. Двойная спираль расплетается, и к каждой отдельной цепочке достраивается вторая по этому принципу. В итоге получается две двойные спирали. Копирование ДНК не идеально: иногда возникают случайные опечатки – мутации. Кроме того, с ДНК по этому же принципу комплементарности считываются одноцепочечные молекулы РНК, тоже состоящие из нуклеотидов. Нуклеотиды РНК обозначают буквами A,U,G,C. При синтезе РНК U ставится напротив А. Молекулы РНК используются для синтеза белков.

SARS-CoV-2 – вирус, наследственный материал (геном) которого представлен положительной, то есть используемой для синтеза белков, цепочкой РНК. ДНК у вируса нет. Мы заинтересовались, как изменился характер мутагенеза SARS-CoV-2 после того, как он перескочил к людям. Для этого мы взяли около тысячи полностью прочитанных геномов SARS-CoV-2 и посмотрели на этих данных относительные частоты уникальных одиночных мутаций, когда один нуклеотид A,U,G или C меняется на другой. Поскольку речь идет о разновидностях вируса человека, то все такие мутации произошли в ходе распространения вируса среди людей.

Для сравнения мы посмотрели на одиночные нуклеотидные замены между SARS-CoV-2 и родственными вирусами летучих мышей. Биоинформатические методы позволяют реконструировать предковый геном вируса. Отличия от этого предкового генома представляют собой замены, которые произошли до того, как вирус стал заражать людей. Аналогичные расчеты мы выполнили для двух других коронавирусов, которые перескочили от животных к людям: вируса атипичной пневмонии (SARS-CoV) и коронавируса HKU1.

Collapse )

Молекулярная эпидемиология Коронавируса в России

Пишет заведующий сектором молекулярной эволюции ИППИ РАН Георгий Базыкин:

«Коронавирус довольно быстро изменяется: в его геноме случается примерно одна мутация за две недели. Большинство этих мутаций практически не изменяют свойства вируса. Зато их можно использовать, чтобы разобраться, кто, кого, когда и где заразил.

В работе, препринт которой выложен на medRxiv (https://www.medrxiv.org/content/10.1101/2020.07.14.20150979v1), мы делаем ровно это. Глядя на геномы 211 вирусов, выделенных из российских пациентов в марте-апреле, мы разбираемся, как начиналась эпидемия в России.

Часть наших результатов подтверждают то, что в сущности было известно и раньше по негенетическим данным; часть результатов для меня была неожиданной.

1. Вирус был завезен в Россию многократно. По нашей оценке, эти 211 вирусных геномов были результатом 67 независимых завозов. Часть из них, возможно, были «перехвачены» на границе или вскоре после. Но как минимум 9 завозов привели к собственным российским вариантам (кладам) вируса, которые цикрулируют только здесь. Я практически уверен, что оба эти числа занижены и что реально завозов было гораздо больше; мы это увидим по мере того, как будем больше секвенировать.

2. Вирус был завезен в Россию поздно. Большинство людей, привезших в Россию коронавирус, приехали сюда в конце февраля-начале марта. Никаких следов более раннего происхождения каких-либо из линий в России нет.

Collapse )

Волновой коронавирус

Прочитал свежие мысли Петра Гаряева про Коронавирус. Обещаю, вы будете в восторге!

«Мы увидели и зафиксировали, что вещественные гены могут дематериализоваться и быть составляющими не вещественных электромагнитных полей».

«гены могут вновь возникать как вещество, что доказано квантовой физикой для элементарных частиц – фотонов, электронов».

Гены коронавируса «как совокупность элементарных частиц, тоже (предполагаю) могут обретать состояние электромагнитного поля. В результате гены на время исчезают как вещество. Это означает, что в определенных условиях наши гены и гены вирусов, заразивших нас, могут таким квантовым путем флуктуировать – то исчезать, то возникать».

Поэтому, кстати, при «его тестировании на людях он может проявляться в тестах или не проявляться».

Виноваты, конечно, генные инженеры, которые создали коронавирус.

В конце автор задается вопросом «что делать?»

«Наложить квантовым путем вернувшийся в относительно нейтральное состояние Коронавирус на все Коронавирусы? Допустим, получилось, но приведет-ли это к желаемому результату? Не известно».

В комментариях все еще круче:

Collapse )

Потенциация не улучшает потенцию

23 июня «Международный журнал изучения импотенции» (International Journal of Impotence Research, импакт-фактор 1,5) отозвал [1] статью про «Импазу» — препарат от эректильной дисфункции, производимый фирмой «Материа Медика Холдинг». Один из авторов статьи, член-корреспондент РАН Олег Эпштейн является владельцем и директором этой компании.

«Действующим веществом» в «Импазе» являются антитела к эндотелиальной NO-синтазе человека. На первый взгляд может показаться, что это нечто научное. Действительно, эндотелиальная NO-синтаза производит оксид азота, который расслабляет мускулатуру стенок кровеносных сосудов, что увеличивает приток крови к половым органам. Механизм действия многих препаратов для лечения проблем с потенцией связан с влиянием на молекулярно-сигнальный путь, в котором задействован оксид азота.

Проблема в том, что в «Импазе» используют антитела к ферменту, которые «наносятся на лактозы моногидрат в виде водно-спиртовой смеси с содержанием не более 10 в минус пятнадцатой нг/г активной формы действующего вещества». Это значит, что действующего вещества в препарате нет. Как и в других популярных препаратах «Материи Медики»: «Анафероне», «Эргофероне», «Тенотене», «Субетте», «Пропротене», суммарные продажи которых составляют миллиарды рублей в год.

Collapse )

Пойдет ли Россия на поправки?

Наверно, я готов сформулировать, почему я не пойду голосовать против новой Конституции, а останусь дома. Хотя я, конечно, против как минимум трех пунктов нового документа и вполне доволен старым вариантом.

Я не представляю, насколько нужно быть безответственными, чтобы агитировать людей идти на массовое мероприятие во время эпидемии. Да, есть возможность проголосовать дома, но вкладываются огромные усилия и в то, чтобы люди пришли на участки. Меня поразили лотереи. Приходите на выборы и выиграйте приз. Тут просто нет слов. Вспоминается песня из «Острова Сокровищ»: «Фортуна! Лотерея!» Главный приз, который можно выиграть при таком подходе, — коронавирус.

Collapse )